Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
781408		Somatic copy number variant load in neurons of healthy controls and Alzheimer's disease patients / Sağlıklı kontrollerin ve Alzheimer hastalarının nöronlarında kopya sayısı varyasyonu yükünün belirlenmesi Yazar:ZELİHA GÖZDE TURAN Danışman: PROF. DR. MEHMET SOMEL ; DR. ÖĞR. ÜYESİ IDİL YET Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoistatistik = Biostatistics ; Biyoloji = Biology Dizin:Alzheimer hastalığı = Alzheimer disease ; Beyin = Brain ; Genom = Genome ; Gürültü azaltma = Noise reduction ; Hücre sınıflandırma = Cell classification ; Varyasyon = Variation	Onaylandı Doktora İngilizce 2023 184 s.
Alzheimer hastalığı (AH) etiyolojisinde somatik kopya sayısı varyasyonlarının (KSV) olası rolü tartışmalıdır. Sitogenetik çalışmalar AH beyinlerinde artan CNV yükünü rapor etsede, son zamanlarda yapılan ve tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak frontal korteks beyin örneklerini inceleyen çalışma böyle bir bulgu rapor etmemiştir. Bu çalışmada, beş farkli beyin bölgesinde (entorhinal korteks, temporal korteks, hipokampal CA1, hipokampal CA3 ve beyincik) hem lazerle kesme ve yakalama (LCM) hem de floresan ile aktive edilen hücre sınıflandırılması (FACS) yöntemiyle diseke edilen piramidal nöronlar üzerinde düşük kapsamlı tekil hücre tüm genom dizilemesi yöntemi kullanarak bu soruyu yeniden ele aldık. 13 AH hastasının ve 7 sağlıklı kontrolün beyinlerinden elde edilen 1301 hücrede güvenilir şekilde saptanan somatik KSV'ler arasında, silinmeler, kazanimlara kıyasla daha sıktır. İlginç bir şekilde, kontrollerden alınan benzer sayıda hücreye kıyasla (farklı filtreleme yaklaşımları kullanılarak %4,1'e karşı %1.4 veya %0,9'a karşı %0,7), farklılıklar istatistiksel olarak olmasa da, AH'deki hücrelerde CNV olaylarının biraz daha yüksek sıklıkta gözlemledik. Teknik açıdan, LCM ile izole edilmiş hücrelerin, FACS ile izole edilmiş hücrelere kıyasla hücre içi okuma derinliği varyasyonunun daha yüksek olduğunu gözlemledik. Hücre içi okuma derinliği varyasyonunu azaltmak için, sinyal-gürültü oranlarını önemli ölçüde iyileştiren temel bileşen analizine dayalı gürültü giderme yaklaşımı önerdik. Son olarak, AH'deki LCM ile izole edilmiş nöronların, kontrol nöronlarından biraz daha fazla okuma derinliği değişkenliği barındırdığını gösterdik; bu, AH'den etkilenen bazı nöronların rapor edilen hiperploid profilleriyle ilgili olabilir.
The possible role of somatic copy number variations (CNVs) in Alzheimer's disease (AD) aetiology has been controversial. Although cytogenetic studies suggested increased CNV loads in AD brains, a recent single-cell whole-genome sequencing (scWGS) experiment, studying frontal cortex brain samples, found no such evidence. Here we readdressed this issue using low-coverage scWGS on pyramidal neurons dissected via both laser capture microdissection (LCM) and fluorescence activated cell sorting (FACS) across five brain regions: entorhinal cortex, temporal cortex, hippocampal CA1, hippocampal CA3, and the cerebellum. Among reliably detected somatic CNVs identified in 1301 cells obtained from the brains of 13 AD patients and 7 healthy controls, deletions were more frequent compared to duplications. Interestingly, we observed slightly higher frequencies of CNV events in cells from AD compared to similar numbers of cells from controls (4.1% vs. 1.4%, or 0.9% vs. 0.7%, using different filtering approaches), although the differences were not statistically significant. On the technical aspects, we observed that LCM-isolated cells show higher within-cell read depth variation compared to cells isolated with FACS. To reduce within-cell read depth variation, we proposed a principal component analysis-based denoising approach that significantly improves signal-to-noise ratios. Lastly, we showed that LCM-isolated neurons in AD harbour slightly more read depth variability than neurons of controls, which might be related to the reported hyperploid profiles of some AD-affected neurons.