Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
198900		An ontology for computer-aided modeling of cellular processes / Bilgisayar destekli hücresel yolak modellemesi Yazar:EMEK DEMİR Danışman: YRD. DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ Yer Bilgisi: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı Konu:Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control Dizin:	Onaylandı Doktora İngilizce 2005 154 s.
Hücresel işlemler canlıların en alt seviyedeki donanımlarıdır. Bu düzeydekiu s ubozukluklar halihazırda tedavi edilemeyen pek şok hastalıktan sorumludur.cHücresel işlemler hakkındaki bilgilerimiz hızla artmaktadır. Ancak, günümüzu s uu umoleküler biyolojisi bu işlemleri kurallı bir şekilde güsterecek yüntemlerden yok-u s s o osundur. Bilgi dağarcığının büyük bir kısmı bilimsel yazında, bilgisayarlı mod-g g uuelleme ve şüzümlemeye uygun olmayan bir bişimde durmaktadır. Cüzülmeyeco u c şo uşalışılan sistemin karmaşıklığı güzününe alındığında, uygun bir güsterim sistemics s g oou g ove araşlarına duyulan ihtiyac aşıktır.c cBu şalışmada hücresel sistemleri modellemek icin bir ontoloji üneriyoruz. Bucs u oontoloji, soyutlamaları, şoklu ayrıntı düzeylerini, hücresel bülmeleri ve molekülc u u o uhallerini güsterebilmek gibi tekil üzelliklere sahiptir. Ayrıca tümleme, sorgu-o o ulama, şüzümleme ve gürselleştirme kolaylığı gibi birtakım kullanıcı ve sistemco u o s gihtiyaşlarını karşılamak uzere tasarlanmıştır.c s ü sBu ontolojiyi taban alarak bir dizi yazılım aracı geliştirdik. Patikasaraşlarının temel kullanım hedefleri tümleme, gürselleme ve sorgulamadır. Buc u ohedeflerde elde ettiğimiz tatmin edici sonuşların ontolojinin kullanılabilirliğinig c gdoğruladığını düşunüyoruz.g g usü uHalihazırdaki yolak güsterme ve sorgulama aracları ile karşılaştırıldığındao ss gPatika düzenli bir güsterim sistemi, ileri sorgulama yüntemleri, aşık gürsellemeu o o c oarabirimi gibi avantajlara sahiptir. Bunun yanısıra Patika'dan elde edilen mod-eller, akım analizi ya da yolak etkinliği şıkarımı gibi yüntemlerle şüzümlenebilir.gc o co uAnahtar süzcükler : Biyoenformatik, ontoloji, yolak.ouvi
Cellular processes form the hardware layer of living organisms. Malfunctions incellular processes are responsible for most of the currently incurable diseases. Notsurprisingly, knowledge about cellular processes are growing at an enormous rate.However, today?s molecular biology suffers from lack of a formal representationsystem for cellular processes. Most of the knowledge is locked in literature, thatare not accessible to computational analysis and modeling. Given the complexityof the system we are attacking, the need for a representation system and modelingtools for cellular processes are clear.In this dissertation, we describe an ontology for modeling processes. Ourontology possesses several unique features, including ability to represent abstrac-tions and multiple levels of detail, cellular compartments and molecular states.Furthermore, it was designed to meet several user and system requirements, in-cluding ease of integration, querying, analysis and visualization.Based on this ontology we also implemented a set of software tools withinthe Patika project. Primary use cases of Patika are integration, querying andvisualization, and we have obtained satisfactory results proving the feasibility ofour ontology.Compared with existing alternative methods of representing and querying in-formation about cellular processes, Patika provides several advantages, includinga regular representation system, powerful querying options, an advanced visual-ization. Moreover Patika models can be analyzed by computational methodssuch as flux analysis or pathway activity inference. Although it has a more steeplearning curve compared to existing ad hoc representation systems, we believethat tools like Patika will be essential for molecular biology research in thefuture.ivvKeywords: bioinformatics, ontology, pathway.