Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
807719		Discovery and analysis of novel microRNAs playing a role in cancer dormancy / Kanser dormansisinde rol oynayan yeni mikroRNA'ların keşfi ve analizi Yazar:SAHRA ARAS Danışman: PROF. DR. DEVRİM GÖZÜAÇIK Yer Bilgisi: Koç Üniversitesi / Sağlık Bilimleri Enstitüsü / Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı Konu:Bilim ve Teknoloji = Science and Technology ; Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2023 119 s.
Kanser tedavisi sonrası nüks, kansere bağlı ölümlerin çoğundan sorumludur. Yayılmış tümör hücreleri, doku ve organlara yıllarca hatta on yıllar boyunca durgunluk benzeri bir durumda yerleşebilir. Bu sessiz hücrelere uyuyan (dormant) hücreler denir. Dormant hücreler, yeniden aktive edildiğinde daha agresif ve tedaviye dirençli tümörler oluşturur. Bu nedenle, kanser dormansisinin incelenmesi, temel bilim ve klinik açıdan çok önemlidir. MikroRNA'lar (miRNA'lar), gen ekspresyonunun düzenlenmesinde önemli roller oynayan kodlanmayan RNA'lardır. miRNA'lar genellikle hedef mRNA'ları olan genin 3' çevrilmemiş bölgesi (UTR) ile etkileşir ve bozulmalarına yol açar veya çevirilerini bloke eder. Dormant kanser hücresi davranışında mikroRNA'ların rolü henüz yeterince anlaşılmamıştır. Laboratuvarımızda, bir Matrigel 3D hücre kültürü sistemi kullanılarak, in vitro kanser dormansi modeli olarak optimize edildi. Bu sistemi kullanarak kanser dormansisinde yeni oyuncuları keşfetmek için miRNA Dizileme (miRSeq), RNA Dizileme (RNA-Seq) ve proteomik analizleri yapıldı. Aktif olarak bölünen kanser hücrelerinin miR-Seq sonuçlarının uykudaki muadilleriyle karşılaştırılması, uyku hali ile ilişkili yeni miRNA'ların bir listesini ortaya çıkardı. Kanser hücre dizilerinde iki yeni dormansi mikroRNA'nın genetik manipülasyonunun bir sonucu olarak, miRNA'ların uyuyan hücre davranışı için önemini gösterdik. Uyuyan fenotipte rol oynayan miRNA'ların doğrudan gen hedefleri keşfedildi. Dormansi ile ilişkili miRNA'ların incelenmesi, kanser dormansinin moleküler yolaklarının daha iyi anlaşılmasını sağlayacak ve yeni tanı, takip ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkıda bulunacaktır.
Recurrence after cancer treatment accounts for most cancer-related deaths. Disseminated tumor cells can settle in tissues and organs in a quiescence-like state for years or even decades. These quiescent cells are called dormant cells. Dormant cells, when reactivated, form more aggressive and treatment-resistant tumors. Therefore, study of cancer dormancy is very important from a basic science and a clinical perspective. MicroRNAs (miRNAs) are non-coding RNAs playing crucial roles in gene expression regulation. miRNAs generally interact with the 3' untranslated region (UTR) of the gene their target mRNAs, and lead to their degradation or block their translation (3,4). The role of microRNAs in dormant cancer cell behavior is not clear. In our lab, a Matrigel 3D cell culture system was optimized as an in vitro model of cancer dormancy. To discover new players in cancer dormancy using this system, miRNA Sequencing (miR-Seq), RNA Sequencing (RNA-Seq) and proteomics analyses were performed. Comparison of miRSeq results of actively dividing cancer cells with their dormant counterparts revealed a list of dormancy-associated novel miRNAs. As a result of the genetic manipulation of two novel dormancy microRNAs in cancer cell lines, we demonstrated the importance of the miRNAs for dormant cell behavior. Direct gene targets of the miRNAs playing a role in the dormant phenotype were discovered. Study of dormancy-associated miRNAs will allow a better understanding of molecular pathways of cancer dormancy and contribute to the development of new diagnosis, follow-up, and treatment strategies.