Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
355365		A short fragment of ancient DNA and its use in determination of sheep mitochondrial dna haplogroups in Southeast Anatolia / Kısa bir antik DNA bölgesi ve bu bölgenin Güneydoğu Anadolu'daki koyunların mitokondriyal DNA haplogruplarının belirlenmesinde kullanımı Yazar:NİHAN DİLŞAD DAĞTAŞ Danışman: PROF. DR. İNCİ ZEHRA TOGAN Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Bölümü Konu:Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2013 95 s.
Son dönemde yapılan arkeozoolojik çalışmalar, en eski (günümüzden 11,000 yıl önce) ve belki de tek koyun evcilleştirme merkezinin Güneydoğu Anadolu'da olduğunu göstermektedir. Bu çalışmada koyun evcilleştirmesinin tarihinin anlaşılmasına katkıda bulunmak amacıyla, Türkiye'deki çeşitli kazılardan ağırlıklı olarak da Kilis ilinde bulunan Oylum Höyük'ten çıkarılan koyun örneklerinin antik DNA'ları incelenmiştir. Oylum Höyük'ten alınan, M.Ö. 1,800-30 yılları arasına tarihlendirilen, 187 antik metapodya ve mandibula örneği Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde 2012 yılında kurulan antik DNA laboratuvarına getirilmiştir. Aynı şekilde, Niğde ilindeki Tepecik-Çiftlik'ten M.Ö. 6,700-5,800 yılları arasına tarihlendirilen koyun örnekleri de (n=63) aynı laboratuvara getirilmiştir. aDNA eldesi koyun olarak tanı koyulan örnekler (n=57 Oylum Höyük, n=13 Tepecik-Çiftlik) kullanılarak yapılmıştır. Daha sonra, modern evcil koyunda beş mitokondriyal DNA haplogrubunu da (A-E) ayırabildiği gözlenen 144 bç uzunluğundaki mtDNA bölgesi yükseltgenmiştir. DNA ekstraksiyonu ve yükseltgenmesindeki başarı oranı Oylum Höyük örnekleri için %65, Tepecik-Çiftlik örnekleri için %92.3'tür. Oylum Höyük örneklerinin 37 tanesinden 30'u için aDNA yükseltgemesi tekrar edilmiştir. Canlı öldükten sonra gerçekleşen nükleotid değişimleri (hatalı baz yerleştirme) ve indeller tekrarlanan aDNA dizileri ve modern koyunlara ait referans diziler karşılaştırmalı olarak çalışılarak tahmini olarak belirlenmiştir. Yükseltgenen aDNA dizileri koyun örneklerinin HPG'larını belirlemede kullanılmıştır. Her bir haplogrubun görülme yüzdesi: Oylum Höyük örnekleri için HPG A=%50, HPG B= %35.3, HPG C=%5.9, HPG D=%5.9, HPG E=%2.9 ve Tepecik-Çiftlik örnekleri için B= %83, E= %17'dir. HPG dağılımları mevcut literatürdeki veriler ile karşılaştırıldığında, HPG B'nin evcilleştirmenin ilk dönemlerinde koyun evcilleştirme merkezi çevresinde baskın tip olduğu ve HPG C'nin frekansının Kilis bölgesinde Helenistik dönemden sonra arttığı gözlemlenmiştir. Koyun evcilleştirme merkezinden yapılan bu ilk çalışma, Güney/Güneydoğu Anadolu'daki evcil koyunun evrimsel tarihine katkıda bulunmanın yanısıra, mtDNA'nın küçük bir bölgesinin modern evcil koyunlarda gözlenen HPG'lara göre antik koyunların HPG'larını belirlemede yardımcı olduğunu göstermiştir. Anahtar Kelimeler: Antik DNA, koyun, Oylum Höyük, Tepecik-Çiftlik, mtDNA haplogrup
Recent archaeozoological studies indicated that perhaps the oldest (11,000 years before present) and may be the only sheep domestication center was in Southeast Anatolia. In this study, to contribute to the understanding of sheep domestication history, ancient DNA derived from skeletal remains of sheep unearthed from archaeological sites in Turkey mainly from Oylum Höyük in Kilis were examined. 187 ancient metapodia and mandible samples, dating between 1,800-30 BCE were brought from Oylum Höyük to the dedicated aDNA laboratory which was established at the Middle East Technical University in 2012. Similarly, samples already identified as sheep (n=63), dating between 6,700-5,800 BCE from TepecikÇiftlik, Niğde were brought to the same aDNA laboratory. Ancient DNA extraction was performed using the samples identified as sheep by the archaeozoologists (n=57 for Oylum Höyük, n=13 for Tepecik-Çiftlik). Then, a 144 bp long mitochondrial DNA fragment which was shown to identify all five of the modern domestic sheep haplogroups A-E, was amplified. Success rates in extractions and amplifications were 65% for Oylum Höyük samples and 92.3% for Tepecik-Çiftlik samples. For 30 out of 37 samples from Oylum Höyük, aDNA amplifications were replicated. Postmortem nucleotide changes (misincorporations) and indels were inferred on the basis of replicated aDNA sequences and reference sequences from modern sheep samples. As the main result, aDNA sequences were used to estimate HPGs of sheep samples. The observed percentage of each haplogroup was: HPG A=50%, HPG B= 35.3%, HPG C=5.9%, HPG D=5.9%, HPG E=2.9% for Oylum Höyük and B= 83%, E= 17% for TepecikÇiftlik samples. When HPG distributions were examined comparatively with the accumulated data in the literature, it was observed that HPG B might be the dominating type around the sheep domestication center in the early days of domestication and HPG C frequency increased after the Hellenistic period around Kilis region. The present study being the first study from the sheep domestication center, besides contributing to the understanding of evolutionary history of domestic sheep in South/Southeast Anatolia, also shows that a short mtDNA fragment is useful to determine the HPGs of ancient sheep with respect to the HPGs observed in modern domestic sheep. Keywords: Ancient DNA, sheep, Oylum Höyük, Tepecik-Çiftlik, mtDNA haplogroup