Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
779456		Antibiotic resistance profiles of Pseudomonas aeruginosa isolates isolated from clinical samples, and evaluation of biofilm formation and the presence of biofilm-related genes (pelA, pslD and algD) / Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa izolatlarında antibiyotik direnç profilleri, biyofilm oluşumu ve biyofilm ile ilişkili genlerin (pelA, pslD ve algD) varlığınındeğerlendirilmesi Yazar:NOOR RIYADH HAMOODAH ALMZIL Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ YAŞAR KEMAL YAZGAN ; PROF. DR. MOHAMMED F. AL MARJANI Yer Bilgisi: Çankırı Karatekin Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin:Bakteriyel enfeksiyonlar = Bacterial infections	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2022 118 s.
Pseudomonas aeruginosa, bağışıklık sistemi zayıflamış kişilerde ağırlıklı olarak nozokomiyal enfeksiyonlar oluşturduğu için fırsatçı bir patojen olarak tanımlanır. P. aeruginosa patogenezi ile ilgili mevcut bilgiler öncelikle klinik izolatların çalışmasından elde edilmiştir. Mevcut çalışmada Bağdat hastanelerinin çeşitli yerlerinden elde edilen ve üç gruba ayrılan toplam 100 örnek vardı: yanıklardan klinik izolatlar (40), yaralardan örnekler (40) ve balgamdan (30). Bu örnekler Ekim 2021'den Nisan 2022'ye kadar toplandı: Bu örneklerden yirmi P. aeruginosa izolatı bulunmuş ve spesifik ve farklı ortamlarla kültürlenmiş, kültür koşulları, biyokimyasal analizler ve VİTEK-2 kompakt sistemi kullanılarak bakteriler tanımlanmıştır. Tüm bakteri izolatları için antibiyotik duyarlılık testi minimum inhibitör konsantrasyona (MICs) göre geçerlidir. Maksimum direnç seviyesinin Tigesikline (8) ve ardından Sefazolin (64) karşı olduğu gösterilmiştir. Yüksek duyarlılık ise Siprofloksasin (0.25), sonra sırasıyla Levofloksasin (0.5) ve Gentamisin (1), sefepim (1), Ceftazidime (2), İmipenem (2), Amikasin (2) ve Piperasilin/Tazobactum'da (8) izlenmiştir. Mikro titrasyon plakası tekniği kullanılarak biyofilm oluşumu tespit edildi, suşların çoğunluğu (%50) orta derecede biyofilmler üretti, %35'i güçlü biyofilmler üretti ve %15'i zayıf biyofilmler üretti. Virülans genleri anlamında 20 izolatta üç gen saptandı. 17 izolatta (%85) algD geni, 17 izolatta (%85) pelA ve 15 izolatta (%75) pslD saptandı. algD, pslD ve pelA genleri virülans faktörleri olarak seçildi, ki bu biyofilm gelişiminin fenotipik paterninden sorumlu olan genotipik algD / pslD / pelA paternidir. Çeşitli kaynaklardan biyofilm oluşturan izolatlar arasında genotipik örüntü baskınlığında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar vardı. Ki-kare analizi kullanılarak biyofilm oluşturma kabiliyeti ile genetik örüntü arasında çok anlamlı bir ilişki bulundu (p değeri 0.764). Bu çalışmada biyofilm üretimi ile biyofilm ile ilişkili genlerin (algD, pelA, pslD) ekspresyonu arasındaki ilişkiyi araştırdık ve izole edilen P. aeruginosa klinik örneklerinde antibiyotik direnç profillerinin analizini yaptık. Anahtar Kelimeler: Biyofilm oluşumu; Pseudomonas aeruginosa ; pelA; Polisakkarit
Pseudomonas aeruginosa is identified as an opportunistic pathogen since it predominantly creates nosocomial infections in immune compromised people. The available knowledge about P. aeruginosa pathogenesis has primarily come from investigating clinical isolates; in this case there were a total of 100 samples obtained from a variety of locations in Baghdad hospitals and sorted into three groups: clinical (40) isolates from burns and (40) specimen from wounds and (30) from sputum, collected from October 2021 to the April 2022. Twenty isolates of P. aeruginosa were found of these samples and they cultured by specific and differential media, Using culture conditions, biochemical assays, and the VITEK-2 compact system, bacteria were identified. For all bacterial isolates, the antibiotic sensitivity test is valid according to the minimum inhibitory concentration (MICs). The maximum level of resistance was demonstrated to be against Tigecycline (8), followed by Cefazolin (64), while high sensitive was to Ciprofloxacin (0.25), followed by Levofloxacin (0.5) and Gentamicin (1), cefepime (1), Ceftazidime (2) and Imipenem (2), Amikacin (2) and Piperacillin /Tazobactum (8) respectively according to MICs results of each antibiotics. Biofilm production was detected using the micro titration plate technique, with the majority of strains (50%) producing moderate biofilms, 35% producing strong biofilms, and 15% producing weak biofilms. When it comes to virulence genes, In 20 isolates, three genes were identified, the algD gene was found in 17 isolates (85%), pelA was found in 17 isolates (85%), and pslD was found in 15 isolates (75%). The genes algD, pslD, and pelA were chosen as virulence factors, the genotypic algD/pslD/pelA – pattern, which is responsible for the phenotypic pattern of biofilm development. There were statistically significant variations in genotypic pattern predominance across biofilm forming isolates from various sources, Using Chi-square analysis, a very significant relationship between biofilm forming capability and genetic pattern (p value 0.764) was discovered. In this research we wanted to reveal if there was a linkage between the production of biofilms and the expression of biofilm-related genes (algD, pelA, pslD), and analyzing antibiotic resistance profiles in P. aeruginosa clinical samples isolated. Keywords: Biyofilm formation; Pseudomonas aeruginosa ; pelA; Polysacharide