Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
744590		A systems biology approach for the identification of gene expression signatures for cancer diagnosis, prognosis, and response to radiotherapy / Sistem biyolojisi yaklaşımlarıyla kanserin tanısı, prognozu ve radyoterapiye yanıt için gen ekspresyon imzalarının tanımlanması Yazar:HALİL İBRAHİM TOY Danışman: DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU ; DOÇ. DR. GÖKHAN KARAKÜLAH Yer Bilgisi: Dokuz Eylül Üniversitesi / İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyoistatistik = Biostatistics ; Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics Dizin:Meta analizi = Meta analysis ; Neoplazmlar = Neoplasms ; Prognoz = Prognosis ; Sistem biyolojisi = Systems biology ; Teşhis = Diagnosis ; Transkriptomlar = Transcriptomics	Onaylandı Doktora İngilizce 2022 174 s.
Kanser dünya çapında önde gelen ölüm nedenlerinden biridir. Antikanser tedavi yöntemlerinin mevcudiyetine rağmen, hem kanser insidansı ve prevalansı hem de mortalitesi halen yüksektir. Kanserin doğru teşhisi ve prognozu yanısıra hastaların antikanser tedavilerine yanıtlarının değerlendirilmesi klinik karar vermede kritik öneme sahiptir. Bu nedenle, kanserin erken teşhisi ve neticesi için güçlü moleküler belirteçlerin tanımlanmasına yönelik artan bir ihtiyaç bulunmaktadır. Bugüne kadar gösterilen örnek çabalara rağmen, insan kanserlerinde potansiyel tanısal, prognostik ve kanser tedavisine karşı dirençlilik sağlayan moleküler biyobelirteçleri belirlemek için kapsamlı çalışmalar halen yetersiz kalmaktadır. Önerilen çalışmalarımızın kapsamı, kamuya açık farklı kanser türlerine ait bibliyografik ve yüksek verimli verilerden faydalanılarak tanısal, prognostik ve radyo-direnç gen imzalarını belirlemektir. Bu amaçla, çeşitli kanser türlerinde sistematik incelemeler ve meta-analizler, gen ekspresyon profili oluşturma ve transkriptom çapında ilişkilendirme analizleri gibi bütünleştirici insiliko yaklaşımları uygulandı. Bu bulgular, kanserin doğru ve zamanında teşhisi, kanser hastalarının izlenmesi ve uygun antineoplastik tedavinin uygulanması için klinik ortamda potansiyel argümanlar olarak değerlendirilebilir.
Cancer represents one of the leading causes of death worldwide. Despite the availability of anticancer therapeutic regimens, the incidence, prevalence, and mortality of cancer are increasing exponentially. The accurate diagnosis and prognosis of cancer, as well as assessment of patients' response to anticancer treatments, are of critical importance in clinical decision-making. Therefore, there is an emerging need for the identification of powerful molecular markers for the early detection and outcomes of cancer. Despite the exemplary efforts made to date, a comprehensive effort to determine potential diagnostic, prognostic, and radioresistance molecular signatures across human cancers is still lacking. The scope of our proposed studies was to identify diagnostic, prognostic, and radioresistance gene signatures for different types of human cancers, based on publicly available bibliographic and high-throughput data. To this end, systematic reviews and meta-analyses, gene expression profiling, and transcriptome-wide association analyses were performed in diverse cancers through integrative in silico approaches. The findings of those studies could be potentially taken into consideration in the clinical setting for the accurate and timely diagnosis of cancer, monitoring cancer patients, and the administration of appropriate antineoplastic therapy.