Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
90969		A Novel method for developing microsatellite markers and seuence analysis of wheat disease resistance gene analogs / Yeni bir metodla mikrosatelit belirleyicilerinin geliştirilmesi ve buğdayda hastalığa dirençlilik geni analoglarının sekans analizi Yazar:ERDOĞAN EŞREF HAKKI Danışman: DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA ; PROF. DR. AYKUT KENCE Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoteknoloji = Biotechnology Dizin:Bitki hastalıkları = Plant diseases ; Buğday = Wheat ; Makarnalık buğday = Durum wheat ; Mikrosatelitler = Microsatellites ; Sarı pas hastalığı = Yellow rust disease	Onaylandı Doktora İngilizce 2000 146 s.
oz yeni bir metodla mikrosatelit belirleyicilerinin geliştirilmesi ve buğdayda hastalığa direçlilik geni analoglarının sekans ANALİZİ Hakkı, Erdoğan Eşref Doktora, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Doç. Dr. Mahmur S. Akkaya Ortak Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Aykut Kence Kasım 2000, 128 sayfa Buğday tüm dünya için, özellikle de en büyük 10 üretici ve dünyanın kişi başına tüketimi en fazla olan ülkesi, Türkiye, için önemli bir tahıldır. Buğday tarımı Anadolu orijinlidir, dolayısıyla bu zengin gen kaynaklarının korunması ve gerek verim, gerekse parojenlere karşı dirençlilik özellikleri gözetilerek, Anadolu gen havuzundaki yerel çeşitlerin ileri moleküler teknikler ile karakterizasyonu gerçekleştirilmelidir. Bu tezde, AFLP sistemi kullanılarak, yeni bir yaklaşımla buğdaydan mikrosatelitler geliştirilmiştir. Bu yeni yöntem, tüm ökaryotik genomlara eşit oranda uygulanabilir niteliktedir. Bu çalışmada kullanılan 15 belirleyiciden, son derece yüksek polimorfizm gösteren 10 mikrosatelit belirleyicisi (ikisi iki ayrı lokusta amplifikasyon yapmakta) kullanılarak, çift haploid (ÇH) hatlar DNA düzeyinde karşılaştırılmış ve hatlar ( 'Çakmak-79', 'Berkmen-469' ve 'Kunduru-1149') arasındaki genetik ilşki belirlenmiştir. Türk durum buğdayları arasında daha iyi bir ilişkinin elde edilebilmesi için, ÇH örnekleri ile onların ebeveynleri ve diğer yerel varyetelere ait veriler biraraya getirilmiştir.San pas, Puccinia striiformis'in sebep olduğu önemli bir buğday hastalığıdır. Bu hastalık, son 25 yıl içinde önemli üretim kayıplarına sebep olan altı önemli epidemiğin görüldüğü Türkiye için daha da önemlidir. 'Pastor' varyetesi sarı pasa dirençlilik genlerinden bir major ve iki minor gene sahiptir. 'Avocef varyetesi san pasa karşı iki minor gene sahipken 'Chinese spring' bu pasa tamamen hassastır. T. monococcum, T. dicoccoides ve A. speltoides yabani buğday türleri ise paslara karşı dirençlilik potansiyeli olan bitkilerdir. Homolojiye dayalı PCR yöntemi ile direnç geni analoglannın (DGA) izolasyonunda bu bitkiler kullanılmıştır. Genbankalarında mevcut olan direnç genleri ile DGA'lar arasındaki genetik ilişkiler belirlenmiştir. Anahtar kelimeler: Genetik İlişki, Mikrosatelitler veya SSRlar, Moleküler Belirleyiciler, Yeni SSR İzolasyonu, Puccinia striiformis, Direnç Geni Analoglan (RGA), Buğday, San Pas.
ABSTRACT A NOVEL METHOD FOR DEVELOPING MICROSATELLITE MARKERS AND SEQUENCE ANALYSIS OF WHEAT DISEASE RESISTANCE GENE ANALOGS Hakkı, Erdoğan Eşref Ph.D. Department of Biotechnology Supervisor: Assoc. Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya Co-supervisor Prof. Dr. Aykut Kence November 2000, 128 pages Wheat is an important crop for the entire world and especially for Turkey, who is within the first 10 producers. The wheat consumption in Turkey is the largest per capita in the world. Wheat agriculture was originated in Anatolia, thus the rich gene pool of this geography should be characterized with advanced molecular genetics tools aiding the germplasm conservation and the characterization of the local varieties in terms of yield and resistance to co-evolved pathogens. A novel approach in isolating microsatellites from wheat, equally applicable to any other eukaryotic genome, by utilizing AFLP system is developed in this thesis study. Turkish durum wheat doubled haploid (DH) lines 'Çakmak-79', 'Berkmen-469' and 'Kunduru-1149' were compared at the DNA level, using highly polymorphic 10 microsatellite markers (two showing two loci), out of 15 markers studied. The genetic relationship among the lines was determined. Data produced also combined the progenitors of the DH lines as well as the other local varieties, in order to evaluate the genetic relationship in larger scale. mYellow rust is an important wheat disease caused by the fungus Puccinia striiformis. It is considered the most important production limiting disease in Turkey, with major recent epidemics occurring in six of the past 25 years. The varieties 'Pastor1, with one major and two minor, 'Avocef, with two minor resistance genes to yellow rust, the completely susceptible 'Chinese spring' variety and the promising wild types T. monococcum, T. dicoccoides and A. speltoides have been utilized in resistance gene analog (RGA) isolations via homology-based PCR approach. Genetic relationships of RGAs with other resistance genes (in GenBank) were determined. Key Words: Genetic Relationship, Microsatellites or SSRs, Molecular Markers, Novel SSR Isolation, Puccinia striiformis, Resistance Gene Analogs (RGA), Wheat, Yellow Rust.