Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
463536		Alternative polyadenylation in a differentiation model: Caco-2 / Bir farklılaşma modelinde alternatif poliadenilasyon: Caco-2 Yazar:OĞUZHAN BEĞİK Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN ; DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı / Moleküler Biyoloji Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology ; Moleküler Tıp = Molecular Medicine Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2017 91 s.
Alternatif poliadenilasyon (APA), pre-mRNA'da bulunan yakın veya uzaktaki poly(A) sinyallerinin seçimidir. APA, farklılaşma dahil olmak üzere çoğu hücre süreçlerinde önemli rol oynamaktadır. APA sonucunda oluşan izoformlar, farklı stabiliteye ve lokalizasyona sahip olabilirler. Farklı lokalizasyon, proteinin fonksiyonunu da değiştirebilir. Bu yüzden, gelişim sürecinde gerçekleşen transkripsiyon sonrası mekanizmaları anlamak için, APA isoformlarını belirlemek bir önem arz etmektedir. Bu çalışmada, enterosit farklılaşma modeli olan Caco-2 hücrelerindeki APA izorformlarını incelemeyi amaçladık. Caco-2 hücreleri kolon adenokarsinoma'dan türemiş olup, konflüent olmaları sonucunda spontane enterosit farklılaşması sürecine girebilmektedirler. Önceden geliştirdiğimiz ve ekspresyon datasını kullanarak APA olaylarını inceleyen APADetect algoritmasını kullanarak, Caco-2 farklılaşmasında gerçekleşen APA olaylarını analiz ettik. Farklılaşmış Caco-2 hücrelerini, çoğalan Caco-2 hücreleri ile karşılaştırdığımızda, 91 3'UTR uzaması, 43 3'UTR kısalması belirledik. 3'UTR uzunluğunun, miRNA'ya bağlı regulasyondaki önemini göz önünde bulundurarak, kısa ve uzun izoformlardaki miRNA bağlanma bölgelerini inceledik. İlginç bir şekilde, kullanlılan poly(A) bölgesine yakın (mRNA'nın bitiminde) bölgede bir zenginleşme gördük. Burada gözlemlediğimiz zenginleşme olayının sonucu, daha erişilebilir miRNA bağlanma bölgesi oluşması olabilir. Sonrasında, analiz sonucunda bulduğumuz APA olaylarını doğrulamak için, çoğalan ve farklılaşmış Caco-2 hücrelerini gerçek zamanlı PCR kullanarak (RT-qPCR) inceledik. Sonrasında, farklılaşma olayında farklı düzenlenen bir transkriptin üzerine yoğunlaşarak, bu transkript ile fonsiyonel analizler yaptık. Genel olarak yaklaşımımız, farklılaşma ile ilgili çalışmalarda fazla kullanılan gen ekpresyon analizlerinde gözden kaçırılmış olan 3'UTR izoformlarından yeni gen bulunması için bir platform sağlamaktadır.
Alternative polyadenylation (APA) is the selection of proximal or distal poly(A) signals on pre-mRNAs. APA has been implicated in many cellular processes, including differentiation. Resulting APA isoforms may have different stability or localization, which may eventually alter the protein function. Therefore, it is important to reveal APA isoforms to better understand post-transcriptional mechanisms in development. In this study, we aimed to investigate APA isoforms in an enterocyte differentiation model, Caco-2 cells. Enterocyte differentiation take place on the axis from colon crypt to villus to produce enterocytes from the intestinal stem cells. Caco-2 cells are derived from colon adenocarcinoma and are able to undergo spontaneous enterocyte differentiation upon confluency. Earlier, we have developed APADetect tool which uses microarray gene expression data to analyze APA events. We used APADetect in order to analyze the APA events in differentiating Caco2 cells. We identified 91 3'UTR lengthening and 43 3'UTR shortening events in differentiated Caco2 cells compared to proliferating Caco-2 cells. APA events were mostly enriched for biological processes such as enzyme binding, endocytosis and RNA processing. To begin investigating the functional significance of APA isoforms, we have looked into availability or loss of conserved miRNA binding sites on APA isoforms. Interestingly, we found an enrichment of miRNA binding sites close to the active poly(A) sites at the end of the mRNAs, which may allow easier access to miRNAs. Next, we began confirming the in silico results by real time RT-PCR (RT-qPCR) using proliferating and differentiated Caco-2 cells. Overall our approach serves as a platform for novel gene discovery in differentiation studies where conventional gene expression analysis may have overlooked 3'UTR isoforms.