Tez No |
İndirme |
Tez Künye |
Durumu |
441755
|
|
A multiplex primer design algorithm for target amplification of continuous genomic regions / Kesiksiz genomik bölgelerin hedef çoğaltması için multipleks primer tasarım algoritması
Yazar:AHMET RAŞİT ÖZTÜRK
Danışman: DOÇ. DR. TOLGA CAN
Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Enformatik Enstitüsü / Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı
Konu:Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin:Biyoinformatik = Bioinformatics
|
Onaylandı
Doktora
İngilizce
2016
103 s.
|
|
Hedeflenmiş Yeni Nesil Sekanslama (YNS) testleri Sanger sekanslamaya göre maliyetetkin
ve güvenilir alternatiflerdir. Hedef zenginleştirme yaklaşımı çok sayıda gen
kümeleri için uygundur. Ancak, daha küçük bölgeler için hedef çoğaltma yöntemleri
hedef zenginleştirme ve Sanger sekanslamaya göre daha etkindir. Hedef çoğaltma
yönteminin en büyük zorluğu ise gerekli zaman, ekipman ve işgücü göz önüne
alındığında amplikonların çoğaltılmaya hazır hale getirilmesidir. Multipleks PCR (MPCR)
bahsi geçen problem için iyi bir çözüm oluşturmaktadır. Ancak uygun multipleks
çiftlerin bulunması bir klik kararı problemidir ve doğası gereği NP-tam'dır.
Bu çalışmada kesiksiz genomik bölgeler için MPCR primerleri tasarlayan yeni bir
yöntem öne sürülmektedir ve klinik açıdan güvenilir PCR tasarımı iyi uygulamaları
benimsenmiştir. Birçok faktörün 48 farklı kombinasyonuyla oluşturulan deneysel
organizasyon ile farklı parametrelerin ilk makul çözümün bulunmasını etkilediği
gösterilmiştir. İlk primer adayı seçme bölgesinin uzunluğunun arttırılmasının daha iyi
sonuçlar verdiği, ancak aynı şartlarda daha uzun süre beklemenin ilk makul çözümü
bulma açısından anlamlı bir etkisinin olmadığı görülmüştir.
MEFV tüm geni için MPCR primer tasarımı gerçekleştirilmiş ve değerlendirme
deneylerimize dayanarak, öne sürülen MPCR yaklaşımının makul bir zaman dilimi
içerisinde verilen bir sekans için güvenilir YNS test primerleri üretebildiği gösterilmiştir.
|
|
Targeted Next Generation Sequencing (NGS) assays are cost-efficient and reliable
alternatives to Sanger sequencing. For sequencing of very large set of genes, the
target enrichment approach is suitable. However, for smaller genomic regions, the
target amplification method is more efficient than both the target enrichment method
and Sanger sequencing. The major difficulty of the target amplification method is the
preparation of amplicons, regarding required time, equipment, and labor. Multiplex
PCR (MPCR) is a good solution for the mentioned problems. However, finding
compatible multiplex pairs is an example of a clique decision problem in graph theory
and it's NP-complete by nature.
We propose a novel method to design MPCR primers for a continuous genomic
region, following the best practices of clinically reliable PCR design processes. On an
experimental setup with 48 different combinations of factors, we have shown that
multiple parameters might effect finding the first feasible solution. Increasing the length
of the initial primer candidate selection sequence gives better results, whereas waiting
for a longer time to find the first feasible solution does not have a significant impact.
We generated MPCR primer design for the MEFV whole gene; and, our benchmarking
experiments show that the proposed MPCR approach is able to produce reliable NGS
assay primers for a given sequence in a reasonable amount of time. |