Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
383206		Alternative polyadenylation dependent 3'-UTR changes in triple negative breast cancers / Triple negatif meme kanserinde alternatif poliadenilasyona bağlı 3'-UTR değişiklikleri Yazar:TANER TUNCER Danışman: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN ; DOÇ. DR. TOLGA CAN Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı Konu:Genetik = Genetics Dizin:	Onaylandı Doktora İngilizce 2015 135 s.
Alternative poliadenilasyon (APA) farklı fizyolojik durumlar ve/veya hastalıklarda mRNA'nın 3'-UTR'lerinin (translasyon olmayan bölge) uzunluklarında değişikliklere yol açabilir. Memeli genlerinin yaklaşık yarısı alternatif poliadenilasyon ile 3'-UTR boyları farklı mRNA izoformları oluşturabilirler. APA'nın proliferatif sinyaller sonucu 3'-UTR'lerin boyunu kısaltarak veya uzatarak gen regülasyonuna katkısı son zamanlarda dikkat çekmektedir. Triple Negatif Meme Kanserleri (TNMK) yüksek proliferatif özellikleri ve kötü prognozları olan agresif bir meme kanseri alt türüdür. Mikroçip gen ifade analizleri meme kanseri alt tipleri ile ilgili çok önemli bilgiler sağlamış olsa da, konvensiyonel mikroçip ölçümleri alternatif uçbirleştirme ve alternative poliadenilasyon ile ortaya çıkan izoformların önemini azımsamaktadır. Yüksek proliferasyon endeksleri nedeniyle, TNMK'lerinde APA'nun rol oynayabileceğini düşündük. Prob-tabanlı bir meta-analiz aracı (APADetect) geliştirerek kullandık. APADetect poli(A) sitelerinin pozisyonlarına göre Affymetrix problarını yakın ve uzak setler olarak gruplayarak analiz etmektedir. Çalışmamızda, 520 TNMK örneği ile 82 normal meme örneğini APADetect ile karşılaştırarak 3'-UTR kısalma ve uzama durumları belirlenmiştir. TNMK hastaları normal meme dokusu ile karşılaştırıldığında belirgin APA motifleri ortaya çıkmıştır. TNMK'lerinde APA olaylarının %68.5'i (165'te 113'ü) 3'-UTR kısalmasıyken, %31.5'i (165'ten 52'si) 3'-UTR uzaması olarak bulunmuştur. Yüksek proliferasyon durumuyla tutarlı olarak, APA gözlemlenen transkriptlerin birçoğunun metabolik ve transkripsiyon süreçleriyle ilişkili genler olduğu ortaya çıkmıştır. TNMK'lerinde belirgin olarak değişen 3'-UTR durumları daha sonra hasta karakteristikleri ile korele edilmiş ve ER+ hastalarla karşılaştırılmıştır. Belirgin olarak kısalan 3'-UTR'lerin uzun versiyonlarına göre daha az mikroRNA bağlanma bölgesine sahip olduğu tahmin edilmiştir. TNMK hastalarında 3'-UTR kısalma olayları kanserin tekrarlama süresi ile korelasyon göstermiştir. Yapılan ifade analizleri in silico sonuçları doğrulayarak USP9X ve YME1L1 genlerinde kısa izoformun daha fazla üretildiğini göstermiştir. Bu çalışma ilk defa APA'nın TNMK'lerinde potensiyel bir rolü olduğunu göstermiştir. TNMK'lerini daha iyi anlamaya yönelik olarak APA motiflerinin değişimi ve 3'-UTR izoformlarının anlaşılması, konvensiyonel mikroçip gen ifadesi analizleri ile gözden kaçan kanserle ilgili genlerin ortaya çıkarılmasını sağlayacaktır.
Alternative polyadenylation (APA) may cause mRNA 3'-UTR (untranslated region) length changes in different physiological conditions and/or disease states. About half of mammalian genes use alternative polyadenylation to generate multiple mRNA isoforms differing in their 3′-UTRs. APA has been attracting attention due to roles in gene expression regulation by shortening or lengthening of 3'-UTRs upon proliferative signals. Triple Negative Breast Cancers (TNBCs) are aggressive subtypes of breast cancers with poor prognosis and high proliferation abilities. While microarray gene expression analyses provided vital information on breast cancer subtypes, conventional quantification of microarrays underestimate potential isoforms generated by alternative splicing and APA. Due to high proliferative indices; we hypothesized APA to play a role in TNBCs. We developed and used a probe based meta-analysis tool (APADetect). APADetect uses poly(A) site positions to group Affymetrix probes as proximal and distal sets. Here, 3-'UTR shortening or lengthening events were detected using APADetect in 520 TNBC and 82 normal breast samples. When compared to normal breast tissue, TNBC patients had significantly different APA patterns. In TNBCs, 68.5% of APA events (113 of 165) were 3'-UTR shortening and 31.5% (52 of 165) were 3'-UTR lengthening. Transcripts going through APA were mostly related to metabolic and transcriptional processes, consistent with a high proliferative state. Significantly altered 3'-UTR lengths in TNBCs were then correlated with patient characteristics, and compared to ER+ patients. Significantly shortened mRNAs were predicted to harbor fewer microRNA binding sites compared to their longer versions. Such 3'-UTR shortening events correlated with relapse free survival times of TNBC patients. Expression analysis confirmed the in silico results and showed increased shorter isoform generation for USP9X, and YME1L1. Our results, for the first time, show a potential role of APA in TNBCs. APA pattern changes and generation of different 3' UTR isoforms may help us improve our understanding of TNBCs by discovering new cancer related genes which may have been overlooked in conventional microarray gene expression analyses.