Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
665085		Comparative transcriptomics of Bacillus subtilis bacilysin-negative genotype with particular reference to bacilysin formation / Bacillus subtilis basilisin-negatif genotipinin basilisin üretimine yönelik karşılaştırmalı transkriptomik analizi Yazar:NAZ KOCABAY Danışman: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology ; Mikrobiyoloji = Microbiology Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2021 211 s.
Gram pozitif bakteriler için model organizma olan Bacillus subtilis, farmakolojik ve antimikrobiyal aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üreten ve patojenik olmayan bir organizmadır. Bilinen en küçük dipeptid olan basilisin ise L-alanine ve L-anticapsin'den oluşmakta olan bir antibiyotik olup B. subtilis tarafından sentezlenen birçok ikincil metabolitten sadece bir tanesidir. Grubumuz tarafından daha önce gösterildiği üzere, basilisin sentezi çoğunluğu algılama (quorum sensing) ve sporülasyon yolaklarına bağlı olarak bacA operonu tarafından gerçekleştirilmektedir. Basilisinin pleiotropik bir molekül olarak davrandığı ve üretici organizmanın hücresel fizyolojisini etkilediği yine grubumuzca daha önce rapor edilmiştir. Bu çalışmada ise basilisin üretemeyen mutant OGU1 suşu ve ana suş PY79'un transkriptom profilleri RNA dizileme (RNA-Seq) ile incelenmiş ve gerçek zamanlı kantitatif PCR (RT-qPCR) yöntemi ile doğrulanmıştır. RNA dizileme sonucunda farklı ifade edilen 2369 gen belirlenmiştir. 223 genin ifadesi mutant suşta artarken 2146 genin ifadesinin azaldığı gözlemlenmiştir. Grubumuz tarafından daha önce gerçekleştirilmiş olan karşılaştırmalı proteom analizlerinden elde edilen bulgular ile RNA dizileme verileri entegre edilmiş, hücresel fonksiyonlarına göre gruplandırılmış ve detaylı bir şekilde tartışılmıştır. Bu çalışma grubumuzun önceki bulgularını doğrulamış ve basilisin yokluğundan kaynaklanan pleiotropik değişikliklerin üretici organizma üzerindeki etkilerini yeni bir bakış açısıyla gözlemleme imkânı tanımıştır.
The Gram-positive model prokaryote Bacillus subtilis is a non-pathogenic organism that is known for producing a wide variety of secondary metabolites with pharmacological and antimicrobial activities. The smallest dipeptide antibiotic bacilysin is among the many secondary metabolites that are produced by B. subtilis, and it is composed of L-alanine and L-anticapsin. As shown earlier by our research group, the synthesis of bacilysin is regulated by bacA operon under the control of quorum sensing and sporulation pathways. Additionally, our findings suggested that bacilysin acts as a pleiotropic molecule and alters the cellular physiology of B. subtilis. In the present study, the transcriptomic profiles of mutant OGU1 and its parental strain PY79 were investigated by RNA-Seq and validated with RT-qPCR analyses. While a total of 2369 significantly differentially expressed transcripts were identified by RNA-Seq, only 223 differentially expressed genes (DEGs) were overexpressed in mutant OGU1. The results of previous comparative proteomics studies were integrated with the current transcriptomic (RNA-Seq) analysis, and the results are compared and discussed with respect to their cellular functions. Overall, this study confirms and expands our earlier studies with a fresh perspective on the pleiotropic changes that emerge from the loss of bacilysin biosynthetic function.