Tez No |
İndirme |
Tez Künye |
Durumu |
177556
|
|
Investigation of microRNA's on genomic instability regions in breast cancer / Meme kanserinde genomik instabilite bölgelerindeki mikroRNA?ların araştırılması
Yazar:ŞADAN DUYGU SELÇUKLU
Danışman: DOÇ.DR. CENGİZ YAKICIER ; Y.DOÇ.DR. AYŞE ELİF ERSON
Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı
Konu:Biyoloji = Biology ; Genetik = Genetics
Dizin:
|
Onaylandı
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
139 s.
|
|
Genomik instabilite meme kanserinde sıklıkla görülür. Bugüne kadarprimer tümörlerde ve kanser hücre hatlarında bir çok kromozomal veya bölgeselkopya sayısı değişikliği gösteren bölge belirlenmiştir. Bu sebeple, bu bölgelerdekipotansiyel tumor baskılayıcı genler veya onkogenler araştırılmaktadır.MikroRNAlar ~18-24 nt uzunluğunda protein kodlamayan RNAlardır.Protein ekspresyonunu hedef mRNAlarin kesilmesi veya translasyonunengellenmesi ile düzenlerler. Bu çalışmanın hipotezi, meme kanserihücrelerindeki sıklıkla görülen genomik instabilite bölgelerinde bulunanmikroRNAların tümörigenez mekanizmasındaki etki edebilecekleri veya katkıdabulunabilecekleridir. Bu çalışmada, meme kanserinde sıklıkla görülen kopyasayısı değişikliği gösteren bölgelerde bulunan mikroRNA genlerinin genomikdüzensizlikleri araştırılmıştır. İlk olarak, biyoinformatik kaynaklar kullanılarakbugüne kadar belirlenmiş, sıklıkla görülen genomik instabilite bölgelerinden 18tane seçildi ve bu bölgelerde bulunan 30 dan fazla ve 35 aday mikroRNA genleribelirlendi. Belirlenen mikroRNA genlerindeki kopya sayısı değişikliklerinidoğrulamak için öncül mikroRNA'lara spesifik primerler dizayn edildi ve ?yarınicelPCR? yöntemi ile 20 meme kanseri hücre hattı DNAsında, 2 ölümsüz hücrehattı DNAsında ve 2 normal kontrol DNA örneğinde kopya sayısı analizleriyapıldı. Densitometre ölçüm sonuçlarına göre dikkat çekici bir şekildemikroRNAların % 61 `inde (22/36) en az 3 farklı hücre hattında kopya sayısıdeğişikliği (delesyon veya amplifikasyon) gösterdiği bulundu. İlginç olarak budeğişikliklerin çoğu literatürde delesyon olarak geçen bazı bölgelerdekimikroRNAların amplifikasyonu olarak bulundu. Belirlenen kopya sayıları,biyolojik olarak anlamlı bir başlangıç noktası olarak kullanılabilir ve memekanserinde mikroRNA ekspresyon düzeyi ve fonksiyonel çalışmalar açısındanadayların seçilmesinde önemlidir Kopya sayısı analizlerini takiben seçilen ikimikroRNA geninin (hsa-miR-21 ve hsa-miR-383) qRT-PCR yöntemi ileekspresyon analizi yapıldı.Bu çalışmanın sonuçları, 20 meme kanseri hücre hattında ve normalörneklerde 36 mikroRNA geninin yarı-nicel PCR yöntemi ile genomik instabilitedüzeylerinin kapsamlı taramasını sunmaktadır. Bugüne kadar meme kanseri hücrehatları ile bu kadar geniş çaplı bir tarama yapılmamıştır ve sunduğumuz sonuçlarbir çok mikroRNAnın meme kanserinde kapsamlı araştırılmasını içermektedir vememe kanseri mekanizmasında potansiyel olarak rolü olabilecek adaylarınbelirlenmesi açısından önemli ipuçları sunmaktadır. MikroRNAların genomikinstabilitesi ekspresyon düzeylerine etki edebilir, bu da hedef genlerinekspresyonunu etkileyecektir. MikroRNAların bu genleri nasil düzenlediklerininbelirlenmesi tümörigenez mekanizmasına katkıda bulunacak, teşhis ve tedaviamaçlı uygulamalarda bu bilgiler kullanılabilecektir.Anahtar kelimeler: meme kanseri, genomik instabilite, mikroRNA
|
|
Genomic instability is commonly seen in breast cancers. To date, variouschromosomal or segmental loss or amplification regions have been detected inprimary tumors and cell lines. Hence, an intensive search for potent tumorsuppressors or oncogenes located in these regions continues.MicroRNAs (miRNAs) are ~18-24 nt long non-coding RNAs that regulateprotein expression either by target mRNA cleavage or translational repression.We hypothesized that miRNAs located in genomic instability regions in breastcancer cells may contribute to the initiation or maintenance of breast tumors.Here, we investigated genomic levels of miRNAs on frequent loss or gain regionsof breast cancer cells. First, using bioinformatics resources we mapped knownmiRNAs and candidate miRNAs to reported genomic instability regions. Ourextensive searches resulted with more than 30 known miRNAs and 35 candidatemiRNAs. To further confirm loss or amplification of miRNA genes on thesechromosomal regions in breast cancer cells, we designed specific primers for theknown pre-miRNA DNA regions and performed semi-quantitative PCR in 20breast cancer cell lines, 2 immortalized mammary cell lines, and 2 controlsamples. Densitometry results suggested that a striking 61 % (22/36) of selectedmiRNAs showed either loss or amplification in at least 3 different breast cancercell lines. Interestingly most of these alterations were found to be amplificationseven in regions reported to harbor losses in breast tumors. Genomic fold changeresults of these microRNAs provide a biologically relevant starting point forfurther expression and functional experiments of microRNAs in breast cancerstudies. Genomic fold change analysis followed expression analysis of twosignificant microRNAs (hsa-miR-21 and hsa-miR-383) was done by qRT-PCRmethod.Our data provide a wide screen of genomic instability of 36 microRNAgenes in 20 breast cancer cells and normal samples detected by semi-quantitativeduplex PCR method as well as expression analysis of two microRNAs. To thisdate, such an extensive data on genomic status of microRNA genes in breastcancer cells did not exist. Therefore, our results are the first comprehensiveinvestigation of many microRNA genes on genomic instability regions in breastcancers and provide further clues to the potential involvement of thesemicroRNAs in breast tumorigenesis MicroRNA genomic instability may affecttheir expression and therefore their targets? expressions. Understanding how thesemicroRNAs regulate their targets and contribute to the neoplastic events will alsocontribute to the field by using this information for future diagnostic andthreaupetical applications.Key words: Breast cancer, genomic instability, microRNAs |