Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
418848		Drug off-target prediction: A case study with aldehyde dehydrogenase inhibitor / İlaç hedef dışı proteinlerinin tahmini: Aldehit dehidrogenaz inhibitörüyle bir vaka çalışması Yazar:YUSUF DOĞUŞ DOĞRU Danışman: PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY ; PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA Yer Bilgisi: Koç Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı Konu:Biyokimya = Biochemistry ; Biyoloji = Biology Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2015 85 s.
Aldehit dehidrogenaz (ALDH) enzimleri reaktif bileşiklerin metabolize ederek hücre içi homeostazı sağlayan büyük bir enzim ailesini oluşturur. Alkol ve ksenobiyotiklerin parçalanması, amino asitlerin geri dönüşümü ve retinoik asitin sentezlenmesi gibi önemli birçok biyolojik süreçte kilit rol oynarlar. ALDH'ın önemli bir özelliği de hem normal, hem kanser kök hücreleri için belirteç niteliğinde olmasıdır. ALDH'ın bu hücrelerde koruma, faklılaşma ve çoğalma üzerinde etkisi olduğu düşünülmektedir. ALDH3A1'in küçük molekül inhibitörü olan DIMATE'ın kanser hücreleri üzerinde büyümeyi engelleyici etkileri olduğu gösterilmiştir. İlaç kirliliği ya da çok hedefli ilaç, bir ilacın birden fazla protein hedefleyebildiğini ifade eder. İlacın kirliliği ona esneklik sağlamakla beraber aynı zamanda istenmeyen yan etkilere sebep olabilir. Dolayısıyla ilaç tasarımı sürecinde yan etkilerin tahmini, istenmeyen yan etkileri önleyebilmek için önemli bir adımdır. Geriye dönük protein-ligand yerleştirme (docking) hedef dışı etkileri bulmak için kullanılabilir, ancak verimsizdir ve yüksek bilgisayar gücü gerektirir. Buna bir alternatif ise farmakofor yöntemleridir. Farmakoforlar bir molekülün biyolojik hedefiyle etkileşebilmesi için gereken kimyasal ve geometrik özelliklerin bütünüdür. Bu çalışmada DIMATE'ın olası istenmeyen hedeflerini benzerlik prensipleriyle geriye dönük moleküler yerleştirme ve farmakofor temelli analizler yaparak tahmin ettik.
Aldehyde dehydrogenases (ALDH) are a large family of enzymes that maintain homeostasis through metabolizing reactive compounds. They play a pivotal role in the regulation of many important biological processes such as detoxification of alcohol and xenobiotics, amino acid salvage pathways, and retinoic acid synthesis. An attractive feature of ALDH is that it is a marker for both normal and cancer stem cells. It is thought to play a role in protection, differentiation and expansion of stem cells. DIMATE, a small molecule inhibitor of ALDH3A1, has been previously shown to display anti-proliferative effects on cancer cells. Drug promiscuity refers to a drug having multiple targets. While multiple targets confer flexibility to a drug, it also creates unintended off-targets. Off-target detection is a crucial step of drug design to prevent unwanted side effects. Reverse docking may be used to identify off-targets, but it is very inefficient and has a high computational cost. An alternative to this is pharmacophore approach. A pharmacophore is a description of the chemical and geometrical features of a compound that is necessary for its interaction with a biological target to initiate or inhibit a biological activity. In this study, we identified the possible off-targets of DIMATE through similarity based approaches employing reverse-docking and through pharmacophore based approaches.