Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
442179		Assessment of 17beta-estradiol-estrogen receptor alpha complex-mediated changes in genome-wide methylation and gene expression profiles / 17beta-östradiol-östrojen reseptör alfa kompleksi aracılığı ile genom çapında oluşan metilasyon ve gen ifadesi değişiklerinin belirlenmesi Yazar:SIRMA DAMLA USER Danışman: PROF. DR. MESUT MUYAN Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2016 160 s.
17β-östradiol (E2), en güçlü östrojen hormonudur ve transkripsiyon faktörü olan Östrojen Reseptörü-alfa (ERα) aracılığıyla hücrede birçok yanıtın oluşmasına neden olur. E2 sinyal yolağına müdahale ile yapılan çalışmalarda, MCF7 gibi ERα'yı endojen olarak sentezleyen hücrelerde E2'nin hücresel çoğalma için gerekli olduğu gösterilmiştir. ERα-negatif hücre hatlarında, ERα'nın harici olarak sentezlenmesiyle reseptörün yapısal/fonksiyonel özellikleri çalışılmıştır. Beklenmedik olan ise E2'nin hücresel çoğalmayı bu hücre hatlarında baskılamasıdır. Bu çelişkili gözlemlerin sebebi ise belirsizliğini korumaktadır. Metilasyona önemli bir epigenetik modifikasyondur. Metilasyon sonucu oluşan gen ifadelerindeki değişiklikler, embryonik gelişim, genomik imprinting, kök hücre başkalaşımı ve kanser gibi birçok moleküler işlemde gereklidir. Bu nedenle, genlerin düzenleyici bölgelerindeki farklı metilasyon durumlarının, farklı gen ifadelerinin, bu nedenle de E2'nin endojen ya da harici olarak ERα sentezleyen hücrelerde, sırasıyla, hücre çoğalmasını destekleyen ya da engelleyen etkisinin sebebi olabileceğini varsayımında bulunuyoruz. Farklı metilasyon durumlarını çalışabilmek adına MDAMB231 meme kanseri hücre hattında stabil olarak ERα sentezleyen bir model hücre hattı geliştirdik. Harici olarak hücreye verilen reseptörün işlevliğini kontrol etmek için birçok fonksiyonel tarama yaptıktan sonra MDA-ERα5 monoklon hücre hattının, genom çapında metilasyon farklılıklarını çalışmak için uygun olduğuna karar verdik. Ayrıca, metilasyonun gen ifadesi ile arasında bir bağıntı kurmak adına tüm transkriptomik profil analizi gerçekleştirdik. Genom çapında yapılan metilasyon profillemesi, aynı bölgeler için, her hücre hattının kendine özgü metilasyon desenleri olduğunu gösterdi. Ek olarak, E2 muamelesi ile bu değişiklikler daha da artmıştır. Fakat, transkriptomik analizlerdeki varyasyonlar nedeniyle, sonuçlarımız metilasyon ve gen ifadesi arasında bir bağıntı kurmak için yetersiz kalmıştır.
17β-estradiol (E2), the most potent estrogen hormone, induces cellular responses primarily through Estrogen Receptor-alpha (ERα), which is a transcription factor. Interfering E2 signaling indicates that E2 is mitogenic for cells, exemplified by MCF7 cells derived from breast adenocarcinoma, synthesizing ERα endogenously. Studies used exogenous expression of ERα in ERα-negative cell lines to examine structural/functional properties of the receptor. What was unexpected from these studies is the observation that E2 treatment represses cellular proliferation. However, mechanism(s) of this paradoxical phenomenon remains unknown. Methylation is an important epigenetic DNA modification. Changes in methylation alter gene expressions critical for cellular proliferation/differentiation, embryonic development, genomic imprinting and cancer. We therefore hypothesize that distinct methylation statuses of responsive genes' regulatory regions underlie differential gene expressions, and hence, proliferative and anti-proliferative effects of E2 in cell models. To test this prediction, we generated a cell model stably expressing ERα in MDAMB231 breast cancer cell line. Of the monoclones synthesizing ERα, the MDA-ERα5, based on expected ERα functions, was selected as the cell model to comparatively assess the E2 effects on changes in methylome and transcriptome profiles to those observed in MCF7 cells. Our studies suggest that cell models have cell-specific methylation patterns for the same genomic region at which E2 induces distinct alterations and differentially modulates gene expressions. However, due to the existence of variations among experimental replicates, establishing a correlation between the methylation statuses to gene expression profile of cell lines appears to be immature. An increase in sample size could circumvent this issue.