Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
418639		Modeling of the mechanism of the glucocorticoid resistance using CRISPR/Cas9 mediated genome editing / CRISPR/Cas9 genom değiştirme tekniği aracılığı ile glukokortikoid resistans mekanizmasının modellenmesi Yazar:AHSEN ÖZCAN Danışman: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN Yer Bilgisi: Sabancı Üniversitesi / Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü / Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı Konu:Biyoloji = Biology Dizin:	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2016 133 s.
Glukokorticoid türevi ilaçlar inflamasyon baskılayıcı olarak ve kan kanseri türevlerinin tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Glukokorticoid ilaç resistansı klinik bir problem olup, glukokortikoid reseptör genindeki mutasyonlardan kaynaklı olduğu düşünülmektedir. Çalışmamızın birinci kısmında T lenfositi olan Jurkat hücre hattında glukokortikoid reseptor geni mutasyonlarını tanımlamaya çalıştık. Glukokorticoid reseptör proteini kodlayan genomik bölgeyi sekansladık ve DNA bağlanma bölgesi olan dördüncü eksonda heterozigot mutasyonun varlığını doğruladık. Bu yanlış anlam mutasyonu, bu genin 477. amino asidini argininden histidine çevirmektedir. Ek olarak Jurkat hücre hattına yüksek dozlarda deksametason uygulayarak glukokortikoid resistansı olduğunuda doğruladık.Calışmanın ikinci kısmında, glukokortikoid geni ekson 4 bölgesini hedefleyerek CRISPR/Cas9 genome düzenleme tekniğini kullandık. Daha sonra tek hücre analizlerini izleyen RFLP tekniği ile GR mutasyonu iceren cesitli orjinal hücre hatlari yarattıgımızı doğruladık.Bu hücrelerin glukokorticoid analoğu deksametasonda yüksek dozlarda glukokorticoid ilişkili hücre ölümüne karşı resistans olduklarını saptadık. Özet olarak bu calışmada CRISPR/Cas9 tekniğinin genom düzenlenmesinde etkin bir teknik olduğunu ve glukokortikoid geni exon 4 bölgesinin glukokorticoid ilişkili hücre ölümünde önemli bir bölge olduğunu bulduk.
Glucocorticoid related drugs are widely used as anti-inflammatory agents and against hematologic malignancies. Glucocorticoid related drug resistance is a clinical problem which may result from the mutation of the glucocorticoid receptor (GR) gene. In the first part of the study we identify GR gene mutations in the human T lymphocyte Jurkat cell line. We sequenced the genomic locus encoding the GR and confirmed the presence of a heterozygous mutation in the fourth exon which encodes the DNA binding domain of this transcription factor. This single point missense mutation changes the 477th amino acid of this domain from arginine to histidine. Further, we confirmed that Jurkat cells are  glucocorticoid resistant by applying high doses of dexamethasone. In the second part of the study, we targeted the GR exon 4 with CRISPR/Cas9 genome editing. Single cell cloning followed by RFLP analysis of CRISPR/Cas9 treated cells confirmed the generation of various clones of novel GR mutant Jurkat cells. We analyzed the survival of these cells and found that they have even higher resistance to cell death induced by the glucocorticoid analog, dexamethasone. We demonstrate that the CRISPR/Cas9 genome editing tool is an efficient tool for genome modification and that the GR exon 4 region is critical for GR related cell death.