Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
717387		Determination of immunomodulatory effects of SARS-COV-2 structural, non-structural, and accessory proteins on macrophage-like cells in the context of type i ifn antagonism and inflammasome activation / SARS-COV-2 yapısal, yapısal olmayan ve aksesuar proteinlerinin tip ı ıfn antagonizm ve enflamazom aktivasyonu bağlamında makrofaj benzeri hücreler üzerindeki immünomodülatör etkilerinin belirlenmesi Yazar:YAĞMUR AYDIN Danışman: PROF. DR. MAYDA GÜRSEL Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı / Biyoloji Bilim Dalı Konu:Allerji ve İmmünoloji = Allergy and Immunology ; Biyoloji = Biology Dizin:Antagonizm = Antagonism ; Antiviral ajanlar = Antiviral agents ; SARS virüsü = SARS virus	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2022 132 s.
SARS-CoV-2 ile enfeksiyon, erken tip I interferon yanıtını inhibe ederken, enflamatuar sinyalleşmeyi ve proenflamatuar sitokin üretimini aktive eder. Virüs, bu zıt etkileri, yapısal, yapısal olmayan veya aksesuar kaynaklı kodlanmış viral proteinler yoluyla konakçı hücre bağışıklığını manipüle ederek gerçekleştirir. Bu tezde, SARS-CoV-2 kodlu proteinlerin tip I IFN antagonizmi ve enflamazom aktivasyonu üzerindeki immünomudülatör etkilerini araştırmak için, SARS-CoV-2 yapısal, yapısal olmayan veya yardımcı proteini stabil bir şekilde ekspres eden THP1-Dual hücre hatları (NSP9, NSP10, ORF3a, ORF8 veya N) ve bir MOCK kontrolü, 3.nesil lentiviral gen transdüksiyon yaklaşımı kullanılarak üretildi. Hücre hatları daha sonra virus-mimetik model tanıma ligandlarına veya recombinant IFN- β'ya maruz bırakıldı. Sırasıyla tip I IFN ve tip I IFN'ye bağımlı ISG15 yanıtları değerlendirildi. Bulgularımız, ORF3a ve ORF8 aksesuar proteinlerinin tip I IFN üretimini önemli ölçüde antagonize ettiğini ve ORF3a'nın ISG15 üretimini aşağı yönde düzenlediğini göstermektedir. NSP9 ve N'nin yalnızca WT ile karşılaştırıldığında tip I IFN üretimini küçük bir etkiyle antagonize ettiği bulundu. SARS-CoV-2 ile ilişkili protein ekspresyonunun enflamazom aktivasyonu üzerindeki etkisini ve piroptozu ölçmek için, NLRP3, NLRC4, AIM2 veya kanonik olmayan enflamazomlara karşılık gelen ve onları aktive edici ligandlar aracılığıyla uyarıldı. Sonuçlarımız ORF3a yardımcı proteinin, NLRP3 ve NLRC4 enflamazom aracılı IL-1β üretimini ve piroptotik hücre ölümünün göstergesi olan laktat dehidrojenaz enzim salınımını önemli ölçüde aşırı aktivite ettiğini doğruladı. Hücre hattındaki NSP9 ekspresyonu, muhtemelen nigerisine yanıt olarak hücre zarı kaçakçılığını bloke etti ve böylece nigerisin aracılı hücre ölümünü önledi. Ayrıca, N yapısal proteini piroptozu engelledi ancak kanonik olmayan ve NLRC4 enflamazom aktivasyonundan sonra piroptozdan bağımsız hücre ölümünü indükledi. Bu da Nükleokapsidin Gasdermin-D aracılı gözenek oluşumuna müdahale ettiğini, ancak piroptozdan bağımsız hücre ölüm mekanizmasını tetiklediğini düşündürdü.
Infection with SARS-CoV-2 inhibits early type I interferon response but activates inflammasome signaling and pro-inflammatory cytokine production. The virus accomplishes these opposing effects by manipulating the host cell immunity through a multitude of encoded viral proteins of structural, non-structural, or accessory origin. In this thesis, to investigate the immunomodulatory effects of SARS-CoV-2 encoded proteins on type I IFN antagonism and inflammasome activation, five SARS-CoV-2 structural, nonstructural, or accessory protein-expressing stable THP1-Dual cell lines (NSP9, NSP10, ORF3a, ORF8 or N) and a MOCK control was generated using a 3rd generation lentiviral gene transduction approach. The cell lines were then exposed to virus-mimetic pattern recognition ligands or to recombinant IFN-β. Their type I IFN as well as type I IFN-dependent ISG15 responses were assessed, respectively. Our findings indicate that ORF3a and ORF8 accessory proteins significantly antagonized type I IFN production and ORF3a downregulated ISG15 production. NSP9 and N were found to antagonize type I IFN production only when compared to WT, but not to mock, suggestive of a minor impact. To measure the impact of SARS-CoV-2-related protein expression on inflammasome activation, and pyroptosis, NLRP3, NLRC4, AIM2, or non-canonical inflammasomes were stimulated via corresponding activating ligands. Our results confirmed that ORF3a accessory protein significantly over-activated NLRP3 and NLRC4 inflammasome-mediated IL-1β production and lactate dehydrogenase enzyme release, indicative of pyroptotic cell death. NPS9 expression in the cell line possibly blocked cell membrane trafficking in response to nigericin, thereby preventing nigericin-mediated cell death. Furthermore, N structural protein hindered pyroptosis but induced pyroptosis-independent cell death after non-canonical and NLRC4 inflammasome activation, suggesting that Nucleocapsid interfered with gasdermin-D-mediated pore formation, but triggered a pyroptosis-independent cell death mechanism.