Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
310464		Determining identity of anaerobic/anoxic hydrocarbon degrading microbial species in Tuzla and Halic bay sediments / Tuzla ve Haliç koylarında bulunan anaerobik/anoksik hidrokarbon yıkımından sorumlu mikrobiyal türlerin belirlenmesi Yazar:SAMET AZMAN Danışman: PROF. DR. ORHAN İNCE Yer Bilgisi: İstanbul Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı Konu:Biyoteknoloji = Biotechnology ; Genetik = Genetics ; Mikrobiyoloji = Microbiology ; Çevre Mühendisliği = Environmental Engineering Dizin:Bozulma = Degradation ; Hidrokarbonlar = Hydrocarbons ; Mikrobiyoloji = Microbiology	Onaylandı Yüksek Lisans İngilizce 2011 127 s.
Marmara denizi, Karadeniz ve Akdenizi birbirine bağlayan, küçük (boyutu ? 70 x 250 km) bir denizdir. Marmara Denizi aşırı ve kronik bir şekilde, genellikle petrol taşımacılığına ilişkin tanker kazaları ile, hidrokarbonların ve hidrokarbon yan ürünlerinin deşarjları sonucunda kirletilmiş bir iç denizdir.Sedimentler kirleticilerin ve organik maddelerin nihai durağıdır. Kirleticiler ve/veya organik maddeler sucul ortamlara girdiklerinde farklı biyolojik, fiziksel ve kimyasal yolakları izleyebilirler fakat bu kirleticilerin ve /veya organik maddelerin belirli bir kısmı mutlak suretle çökerek sedimentlerde birikmektedir. Bu nedenden dolayı sedimentler sucul ortamların karbon ve nutrient kaynaklarıdır. Marmara Denizi sedimentleri organik içerik açısından zengin olmasına rağmen sediment boşluk suyunda bulunan biyolojik olarak kullanılabilir azot ve fosfor miktarı kısıtlıdır. Marmara Denizi sedimentlerini izleme çalışmaları deniz tabanı yüzeyi altında geniş mikrobiyal bir yaşantının varlığını açığa çıkarmıştır ancak, mikroorganizmaların büyük çoğunluğu kısıtlı bulunan nütrientler nedeniyle metabolik olarak aktif değildir. Bu nedenle biyostimülasyon teknikleri Marmara Denizi sedimentlerinin biyoıslahı için elverişli bir seçenek olarak düşünülmektedir.Yapılan bu çalışmada, metanojenik ve nitrat indirgeyici şartlarda, Haliç ve Tuzla körfezlerinden alınan sedimentler ile kurulan nutrient eklenmiş mikrokozmozlardaki mikrobiyal populasyon dinamikleri incelenmiştir. Populasyon dinamikleri, mikrokozmos örneklerinin Denatüre edici Gradiyent Jel Elektroforezi yöntemiyle ve daha önceden Tuzla ve Haliç Körfezlerinden alınan sedimentlerden oluşturulmuş klon kütüphaneleri ile çalışılmıştır. Bu yöntemler ile muhtemel baskın anaerobik hidrokarbon yıkımı yapan türler belirlenmiştir.DGGE sonuçları, nutrient eklenmiş hidrokarbon yıkım mikrokozmozlarında bulunan mikrobiyal komunitenin zamanla değiştiğini göstermiştir.Haliç körfezi sedimentleri ile kurulmuş hidrokarbon yıkım mikrokozmozlarında 13 bakteriyel ve 17 arkeyal tür hidrokarbon yıkımı ile anlamlı şekilde korele olduğu görülmüştür. (p<0.05,r>0.95,n=5). Ayrıca Tuzla körfezinden alınan sedimentler ile kurulan mikrokozmozlarda 4 arkeyal ve 6 bakteriyal türün anlamlı olarak hidrokarbon yıkımı ile korelasyon gösterdiği gözlemlenmiştir (0.050.90, n=5). Hidrokarbon yıkımıyla korele olan bu türlerin, petrol hidrokarbonlarının yıkımından sorumlu olduğu düşünülmektedir.
Marmara sea is a small (size ? 70 x 250 km) intercontinental basin connecting Black Sea and Mediterranean Sea. Marmara Sea is one of the inland sea that has been extremely and chronically polluted via mainly oil transportation related accidents and discharges of hydrocarbons and hydrocarbon by products.Sediments are the final destination of pollutants and organic matters. When the pollutants and/or organics enter aquatic environments, they can follow different biological, physical and chemical pathways but some portion of pollutants and/or organic matters eventually sink and they are accumulated within the sediments. Because of that reason sediments become carbon and nutrient pools for aquatic environments. Sediments of Marmara Sea are highly rich in organic content whereas bioavailable nitrogen and phosphorus are limited in the pore waters. Monitoring studies of Marmara Sea Sediments revealed that there is a diverse microbial life on the subsurface of the seafloor but vast majority of the microorganisms are not metabolically active due to limited nutrients. Thus, biostimulation of the sediments is one of the feasible option for bioremediation of Marmara Sea sediments.In this study, microbial population dynamics in nutrient amended hydrocarbon degradation microcosms seeded with Halic and Tuzla Bay sediments under methanogenic and nitrate reducing conditions were investigated. The population dynamics was studied via Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) of microcosm samples and previous clone libraries from Halic and Tuzla Bay sediments. In this way, possible dominant anaerobic hydrocarbon degrading species were determined.DGGE results revealed that microbial community within the nutrient amended hydrocarbon degradation microcosms changed over time. In nutrient amended hydrocarbon degradation microcosms seeded with Halic Bay sediments, 13 bacterial and 17 archaeal species were found to be correlated with hydrocarbon degradation (p<0.05 r>0.95, n=3). Also 6 bacterial and 4 archaeal species from nutrient amended hydrocarbon degradation microcosms seeded with Tuzla Bay sediments were found to be correlated with hydrocarbon degradation (0,050.90, n=3). These correlated microbial species are thought to be possible candidates for petroleum hydrocarbon degradation.