Tez No	İndirme	Tez Künye	Durumu
167421	Bu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır. Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına Üniversite kütüphaneniz aracılığıyla (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.	Controlling discrete genetic regulatory networks / Kesikli genetik düzenleyici ağların kontrolü Yazar:OSMAN ABUL Danışman: PROF.DR. FARUK POLAT ; PROF.DR. REDA ALHAJJ Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Konu:Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol = Computer Engineering and Computer Science and Control Dizin:	Onaylandı Doktora İngilizce 2005 154 s.
ÖZ KESİKLİ GENETİK DÜZENLEYİCİ AĞLARIN KONTROLÜ Abul, Osman Doktora, Bilgisayar Mühendisliği Bölümü Tez Yöneticisi: Prof.Dr. Faruk Polat Ortak Tez Yöneticisi: Prof.Dr. Reda Alhajj Ocak 2005, 141 sayfa Genetik düzenleyici ağlar hücre dinamiklerini modelleyebilmektedirler. Bu ağlar aynı zamanda dahili ve harici müdahalelerin etkilerini araştırmaya izin vermektedirler. Bu çalışmada harici müdahalelerin genetik ağlara etkileri konusu üzerinde çalışılmıştır. Etkiler farklı gen ifadesi analizi kullanılarak belirlenmiştir. Farklı gen ifadesi problemi üzerinde yöntemin gücünü artırmak için ilave çalışma da yapılmıştır. Kesikli dinamik düzenleyici ağlar için kontrol problemi formüle edilmiştir. Ayrıca bu formülasyonda, sonlu kontrol, sonsuz kontrol, ağ durumu ve müdahale masraflarının farklı biçimlerde hesaba katılması gerekleri gibi çeşitli hususlar da göz önünde bulundurulmuştur. Küçük ve büyük ölçekli ağlar için kontrol düzenleri önerilmiş ve örneklendirilmiştir. Bir durum çalışması üzerinde önerilerin nasıl çalıştığı gösterilmiştir. Aynı zamanda, Önerilen yöntemlere olan gerekler ve bu yöntemlerin etkililiği verilmiştir. Anahtar Kelimeler: mikroarray, veri madenciliği, öğrenme, farklı gen ifadesi, genetik düzenleyici ağ modelleme, genetik düzenleyici ağ kontrolü, saccharomyces cerevisiae
ABSTRACT CONTROLLING DISCRETE GENETIC REGULATORY NETWORKS Abul, Osman PhD., Department of Computer Engineering Supervisor: Prof.Dr. Faruk Polat Co-supervisor: Prof.Dr. Reda Alhajj January 2005, 141 pages Genetic regulatory networks can model dynamics of cells. They also allow for study ing the effect of internal or external interventions. Selectively applying interventions towards a certain objective is known as controlling network dynamics. In this thesis work, the issue of how the external interventions affect the network is studied. The effects are determined using differential gene expression analysis. The differential gene expression problem is further studied to improve the power of the given method. Control problem for dynamic discrete regulatory networks is formulated. This also addresses the needs for various control strategies, e.g., finite horizon, infinite hori zon, and various accounting of state and intervention costs. Control schemes for small to large networks are proposed and experimented. A case study is provided to show how the proposals are exploited; also given is the need for and effectiveness of various control schemes. Keywords: microarray, data mining, learning, differential gene expression, genetic regulatory network modeling, genetic regulatory network control, saccharomyces cerevisiae. IV