Tez No İndirme Tez Künye Durumu
464770 Bu tezin, veri tabanı üzerinden yayınlanma izni bulunmamaktadır.Yayınlanma izni olmayan tezlerin basılı kopyalarına üniversite kütüphaneniz aracılığı ile (TÜBESS üzerinden) erişebilirsiniz.
Molecular evaluation and antimicrobial susceptibility testing of escherichia coli isolates collected from various food products in Turkey / Türkiye'de bulunan çeşitli gıda maddelerinden toplanan escherchıa colı izolatlarının moleküler değerlendirilmesi ve antimikrobiyal suseptibilite testi
Yazar:EMMANUEL OWUSU KYERE
Danışman: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
Yer Bilgisi: Orta Doğu Teknik Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü / Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
Konu:Biyoteknoloji = Biotechnology
Dizin:
Onaylandı
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
132 s.
Sağlıklı insanların ve sıcakkanlı hayvanların bağırsak mikroflorasının parçası olmasına rağmen, Escherchia coli (E.coli)'nin bazı suşları; kendini sınırlayandan hayatı tehdit edene, intestinal hastalıklardan ekstraintestinal hastalıklara kadar, geniş bir hastalık yelpazesine sebep olabilen, önemli gıda kaynaklı patojenler olabilmektedirler. İnsan bağırsaklarında etkili olan patojenik E. coli altı ayrı patotipe gruplandırılmıştır: bir alt grubu enterohemorajenik E. coli olan Şiga-toksin üreten E. coli (STEC); enteropatojenik E. coli (EPEC); enterotoksijenik E. coli (ETEC); enteroaggregatif E. coli (EAEC); enteroinvasif E. coli (EIEC); ve difüz aderans E. coli (DAEC). Bu çalışmada, Türkiye'nin Van şehri sokaklarında satılan bazı gıdalarda bulunan E.coli' nin en çok rastlanan alt türlerinin rastgele değerlendirilmesi yapılmıştır. 37 gıda örneğinin, 28 tanesinde (yaklaşık olarak % 76') E. coli izole edilmiştir28 E. coli izolatı, patojenik alt gruplarının belirlenmesi için indikatör genleri Polimeraz Zincir Reaksinonu (PZR) ile görüntülenmeştir. STEC analizi için, 6 gen (stx1, stx2, eae, fliC, hlyA ve rfbE) kullanılmış ve bunlardan her biri ayrı bir patojenik altgrubu belirlemektedir: ETEX için lt/st geni, EPEC için bfpA geni, EAEC için aggR geni, EIEC için ipaH geni ve DAEC için daaD geni. E. coli izolatlarının genomik karakterizasyonu, XbaI restriksiyon enzimi ile vuruşlu alan jel elektroforezi gerçekleştirilmiştir. İlaveten, E. coli izolatlarının, antimikrobiyal dirençlilik profillerini belirlemek amaçlı fenotipik karakterizasyonu da disk difüzyon tekniği ile belirlenmiştir. Patojenik E. coli izolatlarının altgruplarını belirleyen indikatör genlerinin PZR taramaları sonucunda, patojenik altgruba ait izolat bulunmamıştır. 28 E. coli izolatının PFGE ile moleküler karakterizasyonu ile 25 ayırt edilemez PFGE modeli bulunmuştur. Sadece 2 PFGE modeli (model 2 ve 3) birden fazla izolat tarafından paylaşılmıştır; üç çiğ süt izolatı, ve iki otlu peynir izolatını aynı modele sahiptir. Bu izolatlar dışındaki diğer her izolat kendine özgü bir bant modeline sahiptir. Disk difüzyonu metodu ile antimikrobiyal duyarlılık testi, E. coli izolatlarının % 53.5'inin ampisiline, % 46.4'ünün ise hem sulfakzazol ve hem de tetrasikline karşı dirençli olduğunu göstermiştir. 15 izolatta çoklu ilaç dirençliliği (2 veya daha çok antimikrobiyale dirençlilik) görülmüş ve bu izolatlar, tüm izolatların yaklaşık % 53.5'ünü temsil etmektedir. Bu çalışma, Türkiye'deki çeşitli gıdalardan elde edilen E. coli izolatlarının antimikrobiyal duyarlılıkları üzerine ileriki araştırmalar için referans işlevi görebilecek temel bilgiyi sağlamıştır. Ayrıca, büyük çeşitliliği yüzünden, Türk gıdalarındaki E. coli prevalansı periyodik olarak gözlemlenmesi gerektiği görülmüştür. Yeni ortaya çıkabilecek antimikrobiyal dirençliliğe sahip patojenik E. coli izolatları göz önüne alındığında, E.coli' nin büyük çeşitliliği ve çok çeşitli antibiyotiklere karşı çoklu direncinin, halk sağlığını etkilemesi olasıdır. Gelecekteki salgınları engellemek için, ilgili merciler bilgilendirilmeli ve kişisel hijyen hakkındaki halk sağlık eğitimleri yoğunlaştırılmalıdır.
Even though Escherichia coli (E. coli) is part of the intestinal microflora of healthy human beings and warm blooded animals, some strains of E. coli can be important food borne pathogens that can cause a wide spectrum of diseases, ranging from self-limiting to life threatening intestinal and extra-intestinal illnesses. Pathogenic E. coli that affect the intestines of humans have been grouped into six main pathotypes: Shiga-toxin-producing E. coli (STEC); of which enterohaemorrhagic E. coli (EHEC) is a pathogenic sub-group; enteropathogenic E. coli (EPEC); enterotoxigenic E. coli (ETEC); enteroaggregative E. coli (EAEC); enteroinvasive E. coli (EIEC); and diffusely adherent E. coli (DAEC). In this study, random assessment of the most common subtypes of E. coli that were collected from street foods in Van, Turkey was done. Out of 37 food samples, 28 E. coli isolates (i.e., 76% of food samples) were isolated. 28 E. coli isolates were screened for indicator genes for pathogenic subgroups using Polymerase Chain Reaction (PCR). For STEC screening, we used 6 genes (i.e., stx1, stx2, eae, fliC, hlyA and rfbE), while we used one gene for each pathogenic subgroup; lt/st genes for ETEC bfpA gene for EPEC, aggR gene for EAEC, ipaH gene for EIEC and daaD gene for DAEC. Further genomic characterization of E. coli isolates was done by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) with restriction enzyme XbaI. In addition, phenotypic characterization of E. coli isolates was performed by disk diffusion method for determining their antimicrobial resistance profiles. PCR screening of indicator genes for pathogenic E. coli subgroups revealed that E. coli isolates, used in this study, did not belong to any pathogenic subgroups. Molecular characterization of 28 E. coli isolates by PFGE detected 25 distinguishable PFGE patterns. Only 2 PFGE patterns (i.e., pattern 2 and pattern 3) were shared by more than one isolate; three isolates from raw milk and two isolates from herby cheese had the same pattern. Apart from them, each isolate had a unique band pattern. Antimicrobial susceptibility testing by disc diffusion method revealed that, 53.5% of the E. coli isolates showed resistance to ampicillin, 46.4 % of the E. coli isolates showed resistance both sulphafurazole and tetracycline. 15 isolates were multidrug resistant (i.e., resistant to more than 2 antimicrobials) which represent about 53.5% of the total isolates used. This study provides baseline information on antimicrobial susceptibility of E. coli isolates from various foods in Turkey that can serve as a benchmark for future research. Moreover, the prevalence of E. coli in Turkish foods should be monitored periodically because of its large diversity. E. coli's large diversity and multiple resistance to a wide range of antibiotics might affect public health regarding to emerging pathogenic E. coli isolates with antimicrobial resistance. Stakeholders must be informed and public health education about personal hygiene should be intensified to avoid future outbreaks.